Nur die Picons deiner Bouquets kannst du etwa mit der BouquetEditorSuite exportieren. Im Merlin3 macht das der PiconLoader aber z.B. auch automatisch (also lädt nur Picons für deine Bouquets runter).
Allerdings belasten die Picons, die du nicht benutzt den Flash ja sowieso noch weniger (im Sinne von Lese-/Schreibzyklen). Ich würde übrigens /data für die Picons empfehlen, weil sie dann "aus dem Weg" sind und etwa bei dFlash nicht mitgesichert werden.
Du kannst das natürlich trotzdem alles auf USB auslagern. Das hat ja keine Nachteile.
Als USB-Stick wäre ein 16 GB Stick imho aber extrem überdimensioniert. 1-4 GB reichen locker, denn das einzige, was viel Speicherplatz einnehmen würde auf dem Stick sind Aufnahmen. Aber fast ausnahmslos alle USB-Sticks sind für ruckelfreie Aufnahmen zu langsam.