Die Einstellungen sind eigentlich alle in der e2 config hinterlegt. Die Meldung einer nicht unterstützen Theme-Version könnte ein Problem in der themes.xml sein. Fehlt dort die Angabe der Version, dann weiss MST nicht, was gemacht werden muss. Aber das sollte HDSuisse beantworten können.
Andererseits würde ich dann auch mehr Meldungen erwarten