Das wäre jetzt auch mein Vorschlag gewesen, entweder als mkv oder ts neu muxxen.
Ich hatte mp4 vor einiger Zeit mal angetestet, hatte aber auch immer wieder Probleme und bin daher bei mkv gewechselt.
Machmal hilft es auch alle Streams erst ein komplrtt mal zu demuxxen und mit MKVToolNix neu zu muxxen.
So habe ich schon viele Files (z.B. störrische 1080p HDR) zum laufen gebracht. Ein Versuch kann zumindest nicht schaden.