Handelt es sich dabei um die "verhunzte" dm900 oder die andere?
Versuch mal die maximale Datenrate und die Anzahl der Dateien beim Übertragen zu begrenzen, damit die Netzwerkschnittstelle nicht immer am Limit arbeitet. Ich würde auch mal eine USB-HDD oder USB-SSD versuchen - oder intern, sofern die Box über kein Internes Speichermedium verfügt.
Ein ähnliches Problem habe ich übrigens auch mit meiner dm7080 und dm800se seit Jahren. Beim Übertragen großer Datenmengen bzw. mehrerer großen Dateien im GB Bereich über FTP auf die interne Platte schmieren die Boxen regelmäßig ab. Übertrage ich einen Datei nach der anderen passiert das nicht. Ein Swap oder stoppen von Enigma2 hilft auch nur bedingt. Mir rsync tritt der Fehler komischerweise nicht auf, da kann ich mehrere 100GB mit einem command übertragen. Aber rsync begrenzt den I/O damit die Übertragung nicht anderen Netzwork traffic blockiert