Habe beim Test extra mkclean genutzt um Fehler in der .mkv auszuschliessen und danach nochmal mit mkvalidator geprüft.
mkclean.exe --keep-cues --remux --doctype 2 --optimize
“--keep-cues” Erhält die originalen Metadaten.
“--remux” Die einzelnen Teile im mkv-Container werden noch einmal neu zusammengesetzt um mögliche Fehler zu beseitigen.
“--doctype 2” Es wird dafür gesorgt, dass der mkv-Container valide ist, also dem durch Matroska definierten Standard entspricht.
“--optimize” Es wird mit den gegebenen Möglichkeiten versucht Optimierungen durchzuführen.
http://matroska.org/downloads/mkclean.html