Wenn ich Probleme beim Abspielen von Aufnahmen hatte, hat ein Remux (PIDFilter) mit ProjectX eigentlich immer geholfen. In Deinem Fall liegen die problematischen Aufnahmen nicht als Transport-Stream (TS), sondern als Program-Stram (PS) vor. Versuche mal mit ProjectX nach TS zu konvertieren.
Hmm, hab ich mal probiert, aber ProjectX weigert sich, da zu "konvertieren". Ich glaube mittlerweile auch nicht mehr, dass ich die betroffenen Aufzeichnungen damals mit ProjectX geschnitten hatte. In "früherer Zeit" hatte ich mal mit avidemux gespielt. Muss mal schauen, ob ich damit das Ganze irgendwie "gebacken bekomme".
Update:
Ich hab die betroffenen Aufnahmen jetzt mit einer aktuellen Version von avidemux geöffnet und einfach als MPEG Transport-Stream wieder gespeichert. Scheint funktioniert zu haben: Meine Dreambox spielt sie jetzt ohne zu murren ab.