Totalcommander ist ein FTP-Client, mit dem du Dateien an die Box senden oder empfangen kannst. Mit Telnet oder SSH bekommst du Zugriff auf die Linux-Konsole deiner Box. Für den Anfang würde ich dir das Tool DCC-E2 empfehlen. Das vereint FTP und Telnet.
Ansonsten: http://wiki.blue-panel.com/index.php/Telnet